Может вы как и я начали свою деятельность по наполнению интернетов чрезвычайно полезной информацией используя WordPress и один из его бесплатных шаблонов. По мере роста вашей производительности и соответственно прироста живой массы рожденных текстов вероятно увеличился и приток не менее важных комментариев . Так вот, комментарии по-моему лучше воспринимаются в древовидном виде, т.е. геометрически это выглядит как некоторые старые форумы , но весьма многие шаблоны такой функционал по умолчанию не содержат. Рассмотрим как это по-быстрому наклепать в вордпрессе без плагинов от «третьих лиц» + добавим кнопку «Ответить» для возможности отвечать на конкретные комменты.

Разрешаем вложенные (древовидные комментарии) в настройках обсуждения WordPress

Все настройки говорящие, поэтому их описывать думаю избыточно.

Проверяем, что комментарии выводятся функцией wp_list_comments

Зачастую их по старинке (в старых шаблонах) выводят циклом foreach по массиву комментариев.
Если это не так, посмотрите простейший пример как на нее перейти в заметке пагинация комментариев в wordpress (ее применение необходимо для использования функции вывода ссылки ответа на комментарий, но об этом ниже).

Добавить нужные стили для появившегося класса children

Да, суть всего процесса включения древовидных (вложенных) комментариев состоит в появлении у них css-класса оформления ul.children. Собственно для него достаточно указать нужный отступ слева.

Полезные примечания и ссылки

• http://codex.wordpress.org/Migrating_Plugins_and_Themes_to_2.7/Enhanced_Comment_Display — здесь найдется ответ на вопрос почему при жмаке на кнопку ответить, комментарий не помещается под родительским и чуть правее. (суть в наличии вызова функции comment_id_fields(); в форме комментирования)
• http://codex.wordpress.org/Template_Tags/wp_list_comments — здесь можно найти крутой пример простого использования функции wp_list_comments();, поддерживающий чередование оформления комментариев.
• 30 Most Wanted WordPress Comments Page Hacks — просто сборников трюков с комментариями, которые могут отсутстовать в простых бесплатных шаблонах.

Если будет интересно могу выложить измененный код в своих файлах comments.php (вывод самих комментариев и формы их добавления), и functions.php (сборник пользовательских функций).