В моем понимании меню второго уровня это навигационное меню пункты которого являются дочерними по отношению к пунктам некоторого главного меню.
В Joomla как и в большинстве других cms такие меню бывают разных типов, но все реализуются встроенными средствами (функционалом) движка.
Я ранее описывал создание следующих типов меню второго уровня (с помощью имеющегося модуля mod_mainmenu):
1. DropLine меню.
2. SplitMenu (Сплит-меню).

Если у вас есть чем дополнить мой ответ — добро пожаловать в обсуждение в комментариях.

Отлаживая ошибки или производя разработку для Joomla, полезно понять основной «Путь выполнения» в Joomla! (Execution Path). «Путь выполнения» — список вызовов функции, которые сделаны во время каждого запроса страницы. В то время как требования изменятся от запроса к запросу (в зависимости от параметров строки запроса, cookies, информации сеанса, и т.д.), основной путь обработки запроса — тот же самый каждый раз. Мы опишем основы и предоставим информацию, чтобы помочь разработчикам находить информацию для своей определенной ситуации.

В связанной заметке (о выводе даты на русском в блоге категории Joomla) встал интересный вопрос о использовании классов Joomla для вывода какой-либо информации на страницы.

В том конкретном случае это была дата создания материала. Рассмотрим параметры метода вывода даты, в данном случае, служебного метода «_» класса JHTML.

Предположу что вопрос задается о таблицах в которых хранятся соответствия внутренних ссылок Joomla и SEF-псевдонимов (алиасов).

В таком случае мне известны как минимум две такие таблицы:
1. Таблица #__menu. В ней хранятся псевдонимы ссылок пунктов меню (например the-news/more-about-joomla), которые образуют иерархию при создании в этом меню вложенных пунктов.
2. Таблица #__sefurls. Таблица компонента ArtioJoomSEF, в которой хранятся соответствия SEF-url (ссылки) и внутренней ссылки Joomla (например, the-project/support-and-documentation и index.php?option=com_content&catid=25&id=20&view=article для демо-статьи).